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在AI新基建时代,智能化医疗成为一种潮流趋势,其中医学影像标注为智能化医疗研究提供了基础金标准。但现有软件无法满足标注项目的复杂需求。因此,本文为大家推荐一款一站式医学图像标注软件Pair,解决所有“不可以”。

Pair致力于成为最优秀、最专业、最懂医生的国产医学影像标注软件。

繁琐枯燥的图像标注工作常常让人倍感压力,尤其是医学影像标注领域,标注需求差异巨大、标注场景复杂多变,而标注者却面临着没有一款可以通用的标注软件的尴尬情形。

临床诊断往往涉及多种数据模态,如MRI、X光、超声等;多种数据格式,如图像、视频、三维数据等,对标注软件的兼容性有着极高的要求;多样的标注类型,点、线、面、体的交叉组合,使得标注工作繁琐耗时且错误频出。除此之外,差异化的用户需求,又对软件功能的多样性发出更高挑战。

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数据格式和标注类型的各种组合会产生复杂的标注场景

多数现有的标注软件支持的数据模态有限,且功能单一,缺乏灵活性,培训成本高。

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常见的标注软件

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Pair与现有标注软件的横向对比,Pair的优势显著

面对现有标注软件固有的痛点,大多数人只能将就,通过切换多种软件来适应不同的需求。设想,当我们有2D、3D和视频数据并且要进行不同类型的标注时,从各个软件的安装配置,到学习操作流程,都会耗费我们大量的时间和精力,而后续标注信息的整合和处理,也令人疲于应对。同时,漫长的标注过程往往面临如下问题:

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那么是否有一款全家桶式的标注软件,来解决上述所有烦恼?

Pair:“全家桶”式标注软件

是的,Pair!作为一款一站式医学图像标注软件,Pair关注标注过程本身,遵从以下设计理念:

我们的pair作为一款一站式医学图像标注软件,与其他标注软件相比,有以下八大亮点:

接下来,让我们一起来深入了解Pair,感受Pair独到之处。

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多项目通用

你还在为2D图像需要用LabelMe,3D图像需要使用itk-SNAP、3D Slicer频繁切换软件而烦恼吗?

你还在为nii文件只能被itk-SNAP、3D Slicer标注,病理图像svs只能被ImageScope等软件标注,而医学视频数据没有专用软件标注而烦恼吗?

这些烦恼,Pair通通帮您扫除!

Pair支持多种影像AI项目的标注数据,支持2D、视频和3D数据等格式,支持CT、X-Ray、MRI、PET、超声、病理切片、扫描电镜、血管造影等数据模态。用户只需一款Pair,便可以加载并标注各种医学影像数据,摆脱负担,加速前行。

(下表为Pair支持的数据格式和文件格式)

数据格式文件格式

2D

bmp, png, jpg, tiff, svs…

3D

nii, nii.gz, mrc, rec, mhd, mha, dcm, nrrd, hd…

视频

mp4, avi, wmv, flv…

Pair支持多种医学影像模态和格式(左上到右下依次为:病理图像、视频数据、3D、2D)

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标注类型多样

Pair涵盖了分割、分类、目标检测、关键点定位等常见任务的所有标注类型,提供了椭圆、多边形、矩形框、关键点、分类标签、测量项等通用标注功能。同时,画刷、魔术棒、曲线勾勒、轮廓实例管理和视频跟踪标注等高级功能可有效提高标注效率。此外,Pair支持多种标注种类混合使用,使您不再受频繁切换软件的困扰。

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Pair支持的标注功能

Pair提供的高级标注功能展示(左上到右下依次为:轮廓实例管理、可旋转三维框、画刷、魔术棒)

Pair支持视频追踪功能,用户只需在某一帧图像上进行标注,点击Start Tracking图片标注工具,软件会在后续帧自动跟踪目标,并将结果标注在图像上

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AI智能标注

在面临大规模、复杂的标注需求时,如视频帧标注或多任务密集标注,若完全依赖手动标注,既会给医生带来沉重的负担,也会严重制约AI研究项目的进度。Pair配备独有的AI辅助标注功能,旨在缓解医生的标注压力,为影像的标注提供加速度。

若使用该模块,首先需要算法团队提供AI模型,根据软件内置的《AI模块使用说明》,生成加密的aia格式文件,并将该文件提供给标注者;标注者只需载入配置文件和aia文件,即可一键推理。Pair会自动生成初始标注,只需微调标注结果即可完成标注工作,节省标注时间,加快工作流程。

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Pair AI功能设计架构

Pair的AI模块支持丰富的任务和模型,多任务组合带来更多灵活性。

支持的任务支持模型

分类

AlexNet, VGG, DenseNet, Inception, GoogLeNet, ShuffleNet, Resnet, Wide Resnet, Resnext, Mobilnet, MNASNet …

分割

Fcn, U-net, Deeplab, ENet, ICNet, DFANet, Bisenet …

目标检测

Faster Rcnn, Retinanet, Yolo v5 …

点定位

Heatmap Based Unet, Fcn, Deeplab …

多任务

上述任务任意组合

Pair独有AI一键推理功能,无论是分类、分割、点定位还是目标检测,标注者只需要点击AI按钮,即可“一键”得到标注结果,快捷方便。

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丰富的AI功能,包括分割、点定位、实例分割和检测

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大规模数据的标注

Pair具备优异的工作流,支持上千张图像和视频的同时导入。轻松处理超大视频[>1.2G]、超大病理切片[>2.2G],不卡顿,不闪退。优化了对CPU、内存的管理,使得软件具有很强的兼容性,在无GPU独显,性能较差的电脑仍可流畅使用。

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亿级像素个数的SVS病理图片标注

上千帧数的视频标注

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规范的标注流程

Pair提供了自定义配置文件功能,实现标注流程规范化。用户可高度自定义标签命名、标注层级、标注附属功能(连接线、测量角等)、目标属性等,标注者只需一键拖入配置文件,即可应用到软件,并遵从该规则进行标注。

配置文件可以有效避免标注人员因误操作或个人习惯不同而引发的混乱,如不同医生可能会对同一器官有不同的标签命名等。此外,同一项目统一配置文件,有利于科研人员对标注信息的高效读取。

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高度自定义的配置文件,绑定标签和标注功能,具有父子两级标签

标签和标注功能自动绑定

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目标属性可以方便医生录入各种临床信息

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流通安全保障

Pair在标注流程期间,为影像、标注和AI模型提供加密功能图片标注工具,保证数据安全流通。加密过后的数据和标注只能在Pair中打开,保障研究者的数据安全,防止数据外泄;AI模型转换后的加密aia文件,只能用于Pair标注辅助用途,保护模型拥有者的产权。

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完善的流程

软件内置中英双语使用教程(在Pair主界面左侧握手图标内),以各个标注功能为主线展开介绍。另有AI模块使用说明和Pair标注结果读取说明,方便开发者即查即用。B站上有持续更新的教程视频介绍,以每个大模块展开介绍,让标注者快速上手,降低培训成本和时间。

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完善的内置教程

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详细的文档手册

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丰富的在线视频资源

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